A Fundepe é pessoa jurídica de direito privado, sem fins lucrativos, instituída por um grupo de 35 (trinta e cinco) professores da Faculdade de Filosofia e Ciências da UNESP - Campus de Marília, em 17 de outubro de 1995 e consolidada e dada posse da Primeira Diretoria Executiva em 21 de agosto de 1996.
É regida pelo seu Estatuto aprovado pelo Ministério Público, em 23 de outubro de 1996, devidamente registrado e arquivado no 2º. Registro Civil de Pessoas Jurídicas de Marília - SP, sob o nº. 4005, em 30 de outubro de 1996. Segue também as normas de seu Regimento Interno, aprovado pelo seu Conselho Curador em 22 de maio de 1997, e da legislação aplicável. Iniciou, oficialmente, suas atividades em 28 de maio de 1997. Está inscrita no Cadastro Nacional de Pessoas Jurídicas do Ministério da Fazenda 0- CNPJ/MF, sob o nº. 01.598.545/0001-04, com sede na cidade de Marília - SP, à Av. Vicente Ferreira, 1346, Cascata.

Atualmente, junto com o seu crescimento, cresceu também para 54 professores o numero dos seus membros, que participam ativamente na composição de seus órgãos administrativos, oferecendo sua contribuição pessoal para a dinamização e desenvolvimento de suas atividades e estrutura.