A relação institucional com a Universidade Estadual Paulista “Julio de Mesquita Filho” e, especificamente com a Faculdade de Filosofia e Ciências da UNESP de Marília, visa primordialmente:
î apoiar programas de desenvolvimento do ensino, da pesquisa e da extensão;
î viabilizar a execução de projetos e ou ações capazes de garantir maior produtividade das atividades acadêmicas e universitárias, com envolvimento de docentes, discentes e servidores técnico-administrativos.

Além de desenvolver ações voltadas para o apoio efetivo da UNESP – Campus de Marília, a FUNDEPE tem, ainda, como objetivo:
î Colaborar, pelos meios adequados, com instituições de ensino e demais entidades públicas e privadas, em programas de desenvolvimento científico, tecnológico e cultural e de prestação de serviços.

Isso acontece por meio de parcerias mediante a celebração de Convênios, Contratos e Acordos com instituições governamentais e não-governamentais que possibilitem o gerenciamento de recursos e a execução de projetos e atividades em áreas estratégicas, como:
î formação de recursos humanos;
î assessorias e consultorias especializadas;
î desenvolvimento de pesquisas;
î desenvolvimento e aprimoramento de tecnologias e produtos;
î elaboração e realização de concursos públicos e processos seletivos; e,
î organização e administração de eventos culturais, técnico-científicos e promocionais.